作物茎秆、绿肥、杂草等植物性物质与河、塘泥及人粪尿同置于积水坑中，经微生物厌氧呼吸发酵而成的肥料。一般作基肥施入稻田。沤肥可分凼肥和草塘泥两类。凼肥可随时积制，花果肥销售，草塘泥则在冬春季节积制。积制时因缺氧，使二价铁、锰和各种有机酸的中间产物大量积累，且碳氮比值过高和钙、镁养分不足，均不利于微生物活动.应翻塘和添加绿肥及适量人粪尿、石灰等，
工厂化无害化处理
如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及有害的病菌等。
生物质能是以动植物残渣(如动物粪便、作物秸秆等)为原料，经无害化处理后腐蚀性有机物腐烂的肥料。农场主用牲畜粪便，粪肥，作物秸秆等生产有机肥。
农家肥与生物有机肥的区别
微生物学差异:生物有机肥含有大量有益微生物，沃柑花果肥，其活性可以---土壤的理化性质，山西花果肥，阻止有害微生物的生长，促进作物的生长；有机质含量低，可以与有害微生物共存。
各种肥效：微生物有机肥发酵时间短，花果肥厂家，成熟度高，营养损失小，肥效快；露地堆积时间长，营养损失(尤其是氮)大。
在有益微生物的作用下，微生物有机肥基本上消除了畜禽粪便中有害作物生长引起的病虫害。在土壤中施用发酵生物有机肥，不会引起作物烧根、烧苗，而农家肥由于腐熟不完全，用量稍大，会引起烧根、烧苗等现象。
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